qiagen QIAamp DNA微生物組試劑盒說明書
更新時間：2021-04-15 點擊次數(shù)：4982
qiagen QIAamp DNA微生物組試劑盒說明書
- 從拭子和體液中分離細(xì)菌DNA
- 有效消耗宿主DNA
- 優(yōu)化的機械和化學(xué)細(xì)胞裂解
- 超凈色譜柱可大程度地減少污染風(fēng)險
QIAamp DNA微生物組試劑盒是專門用于從拭子和體液中純化和富集細(xì)菌微生物組DNA的解決方案。在純化過程中對宿主DNA的有效去除可大程度地提高下一代測序分析中細(xì)菌DNA的覆蓋率，并可以進行基于16S rDNA的高度敏感的微生物組分析和整個基因組shot彈槍測序研究。
- 脫氧核糖核酸
- 無細(xì)胞DNA8
- DNA清理16
- 基因組DNA65歲
- 微生物DNA28歲
- 質(zhì)粒DNA18歲
- 從拭子和體液中分離細(xì)菌DNA
- 有效消耗宿主DNA
- 優(yōu)化的機械和化學(xué)細(xì)胞裂解
- 超凈色譜柱可大程度地減少污染風(fēng)險
QIAamp DNA微生物組試劑盒是專門用于從拭子和體液中純化和富集細(xì)菌微生物組DNA的解決方案。在純化過程中對宿主DNA的有效去除可大程度地提高下一代測序分析中細(xì)菌DNA的覆蓋率，并可以進行基于16S rDNA的高度敏感的微生物組分析和整個基因組shot彈槍測序研究。
Purification procedure with integrated host DNA removal.
差異裂解和酶處理可在純化過程中去除宿主DNA，從而使細(xì)菌微生物組DNA富集。
表現(xiàn)
有效去除宿主DNA以進行更深入的微生物組分析拭子和體液含有來自宿主人類或動物細(xì)胞以及微生物細(xì)胞的DNA。在宏基因組學(xué)研究中，對總DNA進行了標(biāo)準(zhǔn)分離和分析，但是宿主人或動物的DNA遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了微生物DNA，這會妨礙微生物組分析。實際上，人類微生物組計劃對不同樣本類型的整個元基因組shot彈槍測序的一個關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)是，多達(dá)99％的測序讀數(shù)對應(yīng)于人類基因組，因此多1％具有微生物性質(zhì)。與16S rDNA測序相反，整個元基因組shot彈槍測序可以為微生物組研究增加有價值的見解，例如毒力因子，抗生素抗性或代謝網(wǎng)絡(luò)的存在。因此，大程度地覆蓋微生物讀數(shù)可大大提高分析能力。去除宿主DNA可以增加測序?qū)嶒炛形⑸镒x數(shù)的覆蓋率。QIAamp DNA微生物組試劑盒通過宿主細(xì)胞的差異裂解和隨后的宿主DNA的酶切消化，有效地去除了宿主DNA。然后，通過機械和化學(xué)裂解的組合，完整的細(xì)胞被有效裂解，釋放的細(xì)菌DNA使用成熟的QIAamp化學(xué)試劑和去污染的QIAamp UCP離心柱進行純化（請參見去除宿主DNA的純化程序）。在整個基因組shot彈槍測序?qū)嶒炛刑岣呒?xì)菌DNA的分辨率 在整個元基因組shot彈槍測序?qū)嶒炛校瑲w因于宿主基因組的讀段所占的百分比很高，即使使用復(fù)雜的生物信息學(xué)工具，正確組裝微生物數(shù)據(jù)集也既耗時又耗費資源。通過去除樣品中的宿主DNA，QIAamp DNA微生物組試劑盒為樣品提供了豐富的細(xì)菌成分，可用于整個元基因組shot彈槍測序。對從人頰拭子分離的DNA進行了完整的基因組shot彈槍測序?qū)嶒灥淖x數(shù)比較，在該樣品中使用QIAamp DNA Microbiome Kit或其他2家供應(yīng)商的溶液制備了樣品。使用QIAamp DNA微生物組試劑盒制備的樣品測序?qū)е碌娜祟愖x數(shù)少于5％，與不包括去除宿主DNA的試劑盒的讀數(shù)超過90％和使用試劑盒的35％相比，讀數(shù)大大降低。在第二個實驗中，樣品中摻入了已知的培養(yǎng)細(xì)菌。與未去除宿主DNA的溶液相比，細(xì)菌DNA的回收率更高。有效去除宿主DNA可增強整個基因組gen彈槍的測序結(jié)果（）。
改進的16S rDNA測序擴增
16S rDNA測序通常用于確定相對微生物群落組成。與其他3種純化試劑盒相比，QIAamp DNA微生物組試劑盒可有效地擴增從口腔拭子純化的DNA的V4區(qū)（請參見圖16S rDNA的高效擴增和測序）。用QIAamp DNA微生物組試劑盒純化的2個樣品中擴增的V4區(qū)的測序結(jié)果也顯示了代表人類口腔微生物組的預(yù)期細(xì)菌組成。
優(yōu)化的細(xì)胞裂解可大程度地減少樣品制備的偏差。細(xì)胞壁形態(tài)的差異使微生物對不同的裂解方法具有不同的敏感性。例如，具有豐富的脂質(zhì)和多糖的細(xì)胞壁厚的細(xì)菌在通過酶促裂解制備的樣品中往往代表性不足。結(jié)果是，任何一種裂解方法都會在微生物組的表示形式和相對組成中引入偏差。QIAamp DNA微生物組試劑盒結(jié)合了化學(xué)裂解法和機械裂解法，并進行了優(yōu)化，以大程度減少樣品制備過程中引入的偏差。此外，QIAamp DNA微生物組試劑盒中提供的超凈生產(chǎn)（UCP）旋轉(zhuǎn)柱經(jīng)過專有的清潔工藝，可大程度地減少污染的風(fēng)險。為了檢查樣品制備的偏倚，從培養(yǎng)物中創(chuàng)建了具有已知數(shù)量的6種不同細(xì)菌的菌落形成單位（CFU）的模型微生物組。使用QIAamp DNA微生物組試劑盒或其他試劑盒準(zhǔn)備了模型微生物組的樣品進行測序。與使用的所有其他方法相比，使用QIAamp DNA微生物組試劑盒處理的樣品表現(xiàn)出了模型微生物組組成的佳整體表現(xiàn)（請參見最小樣品制備偏差）。 原則
QIAamp DNA微生物組試劑盒是用于微生物組分析的*樣品制備解決方案，因為它可以有效消耗宿主DNA，同時大程度減少混合樣品中細(xì)菌群落組成的偏差。結(jié)果是細(xì)菌DNA的富集，從而具有更高的覆蓋范圍和更深的分析能力。許多功能有助于實現(xiàn)此結(jié)果。首先，QIAamp DNA微生物組試劑盒使用超凈生產(chǎn)（UCP）旋轉(zhuǎn)柱，該柱經(jīng)過專有的去污工藝以降低樣品污染的風(fēng)險。其次，QIAamp DNA Microbiome Kit的方案旨在在細(xì)菌細(xì)胞裂解之前以酶促方式消耗宿主DNA。第三，
程序
QIAamp DNA微生物組試劑盒使用了與其他QIAamp試劑盒相同的經(jīng)過驗證的旋轉(zhuǎn)柱技術(shù)，并帶有經(jīng)修改的規(guī)程，旨在均勻地富集樣品中細(xì)菌微生物組DNA的含量。首先輕輕溶解宿主細(xì)胞，使細(xì)菌細(xì)胞完整無損。然后，釋放的宿主DNA被酶降解。機械和化學(xué)裂解的優(yōu)化組合用于隨后破壞細(xì)菌細(xì)胞，精心設(shè)計的緩沖液化學(xué)作用可促進釋放的DNA與二氧化硅膜的結(jié)合。最后，在洗掉不需要的成分后，細(xì)菌微生物組DNA從色譜柱上洗脫下來（請參見純化去除宿主DNA的純化程序）。
應(yīng)用領(lǐng)域
QIAamp DNA微生物組試劑盒可從混合樣品中純化和富集細(xì)菌微生物組DNA，用于敏感的下游應(yīng)用，例如：
- 全基因組測序分析
- 高度靈敏的基于16S rDNA的微生物組分析
- 元基因組shot彈槍測序研究
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